国家税务总局26日公布了《关于土地增值税清算有关问题的通知》，明确土地增值税清算过程中的若干计税问题。专家指出，在“新国十条”和各地细则均提及要加大土地增值税清算的情况下，通知的出台意味着土地增值税清算从严执行。
通知指出，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，要按照发票金额来确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以销售合同的售房金额及其他收益确认收入。若销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
为缩小开发商的避税空间，通知明确，开发企业财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额；不能提供证明的，开发费用按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。其他房地产开发费用，按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
按照现行《土地增值税暂行条例》，土地增值税是以土地和地上建筑物为征税对象，以增值额为税基，并按照30%-60%的四级超率累进税率进行征收，方式为预征和清算相结合。该税种于1994年开征，但由于预征率较低，很多房企在达到清算标准后又以各种方式推迟清算，土地增值税一直没能充分发挥调节土地增值收益的作用。
2006年底,面对高涨的房价,国家税务总局下发了《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》，要求从次年2月1日起全面清算土地增值税。该通知还列出了七种必须以及可以要求进行土地增值税清算的情况，包括开发商整体转让项目，直接转让土地使用权，项目销售率已达85%，项目三年未销售完毕等等。但随后金融危机爆发，这一政策没有得到严格执行。
此次下发的通知可以说是对2006年底发布的通知的补充，也就是说，2006年国税下发的通知至今仍然适用。
“严格执行土地增值税政策，可以在一定程度上抑制房地产企业的暴利。” 北京科技大学经济管理学院教授赵晓认为，土地增值税从严清算会显著加大企业的税收成本，降低房企利润水平，进而降低房企的拿地热情。