胡锦涛在会议上发表重要讲话强调，大力实施科教兴国战略和人才强国战略，坚持自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来的指导方针，全面落实国家中长期科学和技术发展规划纲要，以提高自主创新能力为核心，以促进科技与经济社会发展紧密结合为重点，进一步深化科技体制改革，着力解决制约科技创新的突出问题，充分发挥科技在转变经济发展方式和调整经济结构中的支撑引领作用，加快建设国家创新体系，为全面建成小康社会进而建设世界科技强国奠定坚实基础。
温家宝在会议上讲话。李克强主持第一次全体会议。
胡锦涛强调，科技是人类智慧的伟大结晶，创新是文明进步的不竭动力。当今世界，科技创新更加广泛地影响着经济社会发展和人民生活，科技发展水平更加深刻地反映出一个国家的综合国力和核心竞争力。我们要推进改革开放和社会主义现代化，实现全面建成小康社会目标，不断提高人民生活水平，实现中华民族伟大复兴，必须从国家发展全局的高度，集中力量推进科技创新。
胡锦涛指出，我国已经构建了比较完整的学科体系，拥有丰富的科技人力资源，科技发展具有良好基础，完全有条件发挥自身特色和优势，跟上世界新的科技革命和产业变革步伐。同时，我们也要清醒地看到，面对新形势新要求，我国自主创新能力还不够强，科技体制机制与经济社会发展和国际竞争的要求还不相适应。我们必须增强机遇意识、忧患意识、责任意识，牢牢把握新的科技革命和产业变革的机遇、世界科技创新格局调整的机遇、经济发展水平不断提高和市场不断扩大的机遇，坚定立足自主创新，深化科技体制改革，为加快建设创新型国家提供体制机制保障，争取在不太长的时间内确保国家创新能力得到大幅提升。
胡锦涛指出，到2020年，我们要达到的目标是：基本建成适应社会主义市场经济体制、符合科技发展规律的中国特色国家创新体系，原始创新能力明显提高，集成创新、引进消化吸收再创新能力大幅增强，关键领域科学研究实现原创性重大突破，战略性高技术领域技术研发实现跨越式发展，若干领域创新成果进入世界前列；创新环境更加优化，创新效益大幅提高，创新人才竞相涌现，全民科学素质普遍提高，科技支撑引领经济社会发展能力大幅提升，进入创新型国家行列。
胡锦涛强调，从现在起，到实现进入创新型国家行列的目标，只有不到10年的时间，形势非常紧迫，任务十分艰巨。当务之急，就是要进一步解放思想、深化改革，破除一切束缚创新的思想观念桎梏和体制机制障碍，最大限度解放和发展科技第一生产力。胡锦涛就深化科技体制改革、加快创新型国家建设提出6点意见。第一，进一步推动发展更多依靠创新驱动，坚持把科技摆在优先发展的战略位置，把科技创新作为经济发展的内生动力，激发全社会创造活力，推动科技实力、经济实力、综合国力实现新的重大跨越。第二，进一步提高自主创新能力，大力培育和发展战略性新兴产业，运用高新技术加快改造提升传统产业，加快农业科技创新，发展关系民生和社会管理创新的科学技术，推进基础前沿研究。第三，进一步深化科技体制改革，着力强化企业技术创新主体地位，提高科研院所和高等学校服务经济社会发展能力，推动创新体系协调发展，强化科技资源开放共享，深化科技管理体制改革。第四，进一步完善人才发展机制，坚持尊重劳动、尊重知识、尊重人才、尊重创造的重大方针，统筹各类人才发展，建设一支规模宏大、结构合理、素质优良的创新人才队伍。第五，进一步优化创新环境，完善和落实促进科技成果转化应用的政策措施，促进科技和金融结合，加强知识产权创造、运用、保护、管理，在全社会进一步形成讲科学、爱科学、学科学、用科学的浓厚氛围和良好风尚。第六，进一步扩大科技开放合作，提高我国科技发展国际化水平，在更高起点上推进自主创新。
胡锦涛强调，建设创新型国家是全党全社会的共同任务。各级党委和政府务必提高认识、增强紧迫感，加强领导、狠抓落实。要加大科技投入，发挥政府在科技发展中的引导作用，加快形成多元化、多层次、多渠道的科技投入体系，实现2020年全社会研发经费占国内生产总值2.5%以上的目标。各级党政领导尤其是主要领导要学习科技知识，坚持用科技知识指导发展，在重大决策中听取专家意见，做好科学论证。要关心和爱护广大科技人员，及时研究和解决他们遇到的各种实际困难。广大科技工作者要始终把祖国和人民放在心中，努力作出无愧于时代、无愧于人民的创新成果。
温家宝指出，深化科技体制改革的中心任务，是解决科技与经济结合问题，推动企业成为技术创新主体，增强企业创新能力。这是一项事关国家长远发展的基础性、全局性、战略性重大任务。企业强则国家强。我国是制造业大国，已经具备很强的制造能力，但仍然不是制造业强国，总体上还处于国际分工和产业链的中低端，根本原因就是企业创新能力不强。如果能在“中国制造”前面再加上“中国设计”、“中国创造”，我国的经济和产业格局就会发生根本性变化。企业的创新能力，很大程度上决定我国经济的发展前景。
温家宝对增强企业创新能力提出了具体要求。一要支持企业建设高水平研发中心。真正的企业研发中心，是企业创新能力的源泉、企业竞争力的核心，应当具备足够能力把握创新机会，选择创新方向和技术路线，组织技术研发、产品创新、利用和转化科技成果。“十二五”时期，国家重点建设的工程技术研究中心和实验室，要优先在具备条件的行业骨干企业布局。二要以企业为主导深化产学研结合。企业直接参与市场竞争，对新技术、新产品最敏感。产学研结合，要坚持“产”为主导，即企业为主导。国家重大科技项目，凡是产业目标明确的，要由有条件的企业牵头组织实施。三要建立科技资源开放共享机制。国家投资建设的科研设施要向企业开放，作为技术研发的公共平台。国家支持的科研活动所获得的信息资料，要最大限度地向社会公开。四要创造公平开放的市场环境，使各类企业公平获得创新资源。科技型中小企业最具创新活力，要为他们发展创造更有利的条件。大力支持企业开展国际科技交流合作。加强知识产权保护，建设规范的知识产权市场。
温家宝强调，要在政策上最大限度地支持企业创新，要抓好现有政策的贯彻落实，并进一步完善，重点解决政策之间的协调性问题，增强政策的针对性和实效性。要建立健全财政性科技投入稳定增长机制，完善财政资助、贴息和税收减免政策，鼓励和支持企业增加研发投入。引导金融机构综合运用买方信贷、卖方信贷、融资租赁等方式，加大对科技型中小企业的信贷支持。充分发挥资本市场支持科技型中小企业创新创业的重要作用。完善产业技术政策，支持企业采用新技术、新工艺。适应科技与产业融合发展的趋势，改进高新技术企业认定办法。改革科研机构、高等院校人事管理制度，建立开放、竞争、流动的用人机制。鼓励科技人员在企业与科研院所、高等院校之间双向兼职和流动，支持他们创新创业，特别是创办科技型中小企业。健全技术要素参与分配的机制，健全与岗位责任、工作业绩、实际贡献紧密联系的激励机制，使科技人员的创造性劳动获得与其价值相称的收入，得到社会的认可和尊重。
中共中央政治局委员、国务委员刘延东在总结讲话中指出，要认真学习贯彻胡锦涛总书记和温家宝总理重要讲话精神，全面落实关于深化科技体制改革、加快国家创新体系建设的意见，把思想和行动统一到中央决策部署上来。要科学把握科技改革发展中的重要关系，处理好科技创新与服务发展的关系，努力实现创新驱动发展，让科技更好地服务国家、造福社会、惠及民生；处理好政府支持与市场引导的关系，促进科技资源的优化配置和高效利用；处理好企业主体与协同创新的关系，推动产学研用紧密结合；处理好基础研究与应用开发的关系，取得更多原创性科学成果和技术突破，增强科技持续发展能力；处理好稳定支持与竞争择优的关系，建立健全符合科技规律的投入机制，让国家宝贵科技资源产生最大效益；处理好立足国内与扩大开放的关系，提高我国科技创新的国际化水平；处理好科学研究与科学教育普及的关系，提高全民科学素质，夯实创新型国家建设的社会基础；处理好硬件建设与软件提升的关系，更加注重创新体制机制、完善制度环境，充分调动全社会特别是科技人员的创新热情和创造活力。各地区各部门要加强对贯彻落实工作的组织领导，进一步明确责任，抓紧制定配套政策和具体措施，把会议精神和科技体制改革任务落到实处。
出席会议的领导同志还有：回良玉、刘云山、李源潮、汪洋、张高丽、张德江、俞正声、郭伯雄、何勇、令计划、路甬祥、马凯、万钢。
国家科技教育领导小组成员，各省、自治区、直辖市和计划单列市、新疆生产建设兵团党政负责同志，中央和国家机关有关单位、有关人民团体负责同志，解放军各总部和武警部队负责同志，各民主党派中央和全国工商联有关负责人，部分行业协会、高等学校、科研单位、企业和国家高新区代表和部分科技专家等出席会议。
全国科技创新大会第一次全体会议以电视电话会议形式召开，主会场设在人民大会堂小礼堂，各省、自治区、直辖市和计划单列市、新疆生产建设兵团以及各市(地、州、盟)设分会场。